Utvecklare/Systemadministratör till Nationellt Pandemicentrum (NPC) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du arbeta med storskaliga data och automation av dataanalyspipelines i nära samarbete med bioinformatiker och mikrobiomforskare?

Nationellt Pandemicentrum (NPC) expanderar och etablerar nu ett team dedikerat till utveckling och underhåll av mjukvara, databaser, och systemstöd till vår verksamhet. Vi söker därför en utvecklare/systemadministratör för att stärka vårt IT team. Tjänsten är en unik och spännande möjlighet för dig som vill jobba med att utveckla och implementera effektiv automatiserad infrastruktur i nära samarbete med avancerad forskning. Det finns utrymme att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden. Till exempel kan rollen kombineras med t.ex. front- eller backend-utveckling av NPC:s system eller bioinformatiska pipelines.

Vi erbjuder en omväxlande labbnära miljö där du arbetar i nära samarbete med både andra IT- och mjukvaruutvecklare samt de bioinformatiska forskare och labbpersonal som interagerar med systemen vi utvecklar. NPC:s mål är att fortsätta bidra med stor samhällsnytta där en robust och pålitlig IT-infrastruktur är en förutsättning för att hantera de datamängder som produceras, för att genom bioinformatisk och statistisk analys nå dit.

Om oss

CTMR startades i januari 2016 som ett samarbetsprojekt mellan Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Ferring Pharmaceuticals. Centret bygger på en djup förståelse för translationell mikrobiomforskning och har etablerat en bred bas med tekniska, biologiska, kliniska och epidemiologiska platformar för att studera komplexa mikrobiella samhällen i väldefinerade humanmaterial. CTMR har som mål att bättre förstå hur mänskliga mikrobiomet bidrar till mänsklig fysiologi och patofysiologi med långsiktiga planer på att öppna upp möjligheter för utveckling av nya behandlingar inom områdena gastroenterologi, reproduktiv hälsa, neonatologi och cancer.

NPC startades 2020 som en separat enhet inom CTMR för att erbjuda nationellt stöd för analys av SARS-CoV-2 och har sedan dess växt och utvecklats för att kontinuerligt bidra till en bättre beredskap och nationell förberedelse för oförutsedda händelser med storskaliga effekter på samhället. NPC arbetar med pandemiforskning och sekvenserar även fortsatt SARS-CoV-2 i samarbete med Folkhälsomyndigheten för att bidra till förståelsen av virusets evolution.

Länk: https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr

Vårt team består av 50 medarbetare med bred kompetens inom mikrobiologi, genomik, bioinformatik, och statistik. Vi har en teknisk infrastruktur som kontinuerligt utvecklas för att möta verksamhetens behov. Hos oss erbjuds du en spännande arbetsmiljö, med utmanande arbetsuppgifter och hög teamkänsla. Vi jobbar i nära samarbete med andra forskare, läkare, molekylärbiologer, tekniker, bioinformatiker, och statistiker, både på Karolinska Institutet, sjukhus, och andra universitet runt om i Sverige och världen.

Vi arbetar tillsammans för att uppnå teamets gemensamma mål: att med hjälp av robust automation av arbetsflöden för både labb och bioinformatik genomföra forskningsprojekt för att bidra till samhället.

Vi har egen serverhårdvara där vi driftsätter virtualiserade Linuxservrar med VMware vSphere. Våra produktionsmiljöer består uteslutande av Linuxsystem, men det förekommer att de system vi utvecklar behöver interagera med Windows/Mac-datorer, då oftast via API:er och/eller webb-interface. Det mesta av den kod vi själva utvecklar är öppen källkod (https://github.com/ctmrbio/).

Din roll

Vi söker dig med erfarenhet av mjukvaruutveckling och systemadministration i Linuxmiljö, för att bidra till utvecklingen och implementationen av den underliggande automations- och analysinfrastruktur som används för labb och bioinformatiskt arbete på NCP/CTMR. För denna roll söker vi en ansvarskännande och driftig person som är positiv och flexibel. Arbetet ställer höga krav på noggrannhet, planeringsförmåga, servicevilja och ett strukturerat arbetssätt. Du arbetar med trygghet i en dynamisk miljö och har lätt att anpassa dig till omprioriteringar. Vi förväntar oss att du arbetar effektivt i grupp. I rollen kan ingå att;

• Bidra till utvecklingen av de laboratorieinformationshanteringssystem (LIMS) som används för spårbarhet av labbprocesser, samt för hanteringen av den data som produceras av NPC
• Bidra till att upprätthålla IT-systemens stabilitet över tid genom att upprätta goda underhållsrutiner, dokumentation, och säkerställa kunskapsöverföring inom gruppen
• Bidra till att definiera och förstå verksamhetens behov med avseende på databassystem, användarinterface, server och annan hårdvaruinfrastruktur
• Understödja robusta arbetsmetoder med avseende på informationssäkerhet, dataflöden, hantering av storskaliga data, och databasarkitekturer

Vem är du?

Vi söker dig som har en examen inom datavetenskaper från högskola eller universitet eller motsvarande kompetens. Vi vill betona att kunskap om mikrobiologi och bioinformatik inte behövs för denna roll, men att intresse och nyfikenhet för området naturligtvis är välkommet.

Krav för rollen:

• Erfarenhet av systemadministration och mycket god kompetens inom Linux
• Erfarenhet av programmering i Bash och Python
• Goda kunskaper inom IT-infrastruktur i allmänhet och servrar och hårdvara i synnerhet
• Erfarenhet av arbete med versionshanteringssystemet Git
• Förståelse för IT-säkerhet
• God engelska

Det är viktigt att du trivs med att arbeta i team både online och på plats i kontoret/labbet.

Meriterande:

Vi ser med fördel att du innehar några eller flera av följande erfarenheter, men det är inget krav:

• Erfarenhet av att leverera strukturerad kod, sätta upp automatiserade tester samt kontinuerlig integrationstestning med tex Github actions eller liknande
• Erfarenhet av tekniker för remote management av Linuxservrar
• Erfarenhet av eller starkt intresse för arbete med virtuella maskiner
• Erfarenhet av eller starkt intresse för arbete med Docker/Podman/Singularity
• Erfarenhet av att upprätta kravspecifikationer för komplexa utvecklingsprojekt
• Erfarenhet av databasteknologier (SQL)
• Erfarenhet av arbete med storskaliga beräkningsresurser (HPC)
• Erfarenhet av utveckling av bioinformatiska piplines (t.ex. Snakemake, Nextflow, eller dylikt)

Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna

Ansökan

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss